[Opora]

Modigar, а выключатель двухклавишный стоял изначально (от застройщика)? Если да, то выключатель не трогай вообще. Оставляй есть, как есть.
Откручивай назад люстру, чтобы снова торчало три провода из потолка.
Теперь переведи выключатель в положение "Выкл". Проверь индикатором, что из потолка ни на одном проводе нет ничего.
Теперь переведи одну из клавиш в положение "Вкл". Снова проверь наличие фазы на одном из проводов из потолка. Запомни цвет фазы. Теперь выключи только что включенную клавишу.
Переводим вторую клавишу в положение "Вкл". Снова ищем провод с фазой, запоминаем его.
Теперь, для ясности, включаем обе клавиши и удостоверяемся в наличии обоих фаз на обоих проводах, выявленных ранее.
Все.
Теперь скручиваем фазные провода исходя из личных убеждений, какой будет включать две лампы, а какой три.
И все бы хорошо...НО!
Сдается мне, что нет у тебя в выключателе разделения на две фазы, а идет два провода фазных (приходящая и уходящая) и провод заземления. И из потолка тоже торчат фаза, ноль и земля (на корпус самой люстры).
А раньше, с пульта, разделение фаз было только в устройстве дистанционного включения, но не в обычном выключателе в стене.
Возможно, коряво написал, но как-то так...